Fiche détaillée Master
| Mémoire N° | 559 |
| Auteur | PAULI Marie |
| Titre | Museomics of the Arcifera Imura, 1996 group sheds light on the phylogeographic history of the subgenus Carabus (Platycarabus) Morawitz, 1886 |
| Thématique & formation | Biodiversité, Écosystèmes, et Société (BES) |
| Résumé | Cette étude a porté sur la phylogéographie d’un sous-genre de coléoptères alpins Carabus (Platycarabus) Morawitz, 1886, principalement des coléoptères alpins répartis en Europe, des Alpes aux Carpates. Nous avons échantillonné 56 spécimens, principalement conservés dans les collections du Musée d’histoire naturelle de Genève, qui comprennent plus largement des sousgenres du groupe Arcifera Imura, 1996. Le pipeline bioinformatique phyloHyRAD a récupéré des loci à grande échelle évolutive à partir de la capture d’exomes HyRAD-X (capture d’hybridation à partir de sondes dérivées de RAD obtenues à partir d’un modèle eXome réduit). Cette méthode a permis de reconstruire les relations au sein du groupe Arcifera et entre les espèces du sous-genre Carabus (Platycarabus). Les analyses phylogénétiques ont montré que les quatre sous-genres Carabus (Hygrocarabus) Thomson, 1875, Carabus (Heterocarabus) Morawitz, 1886, Carabus (Chaetocarabus) Thomson, 1875, Carabus (Platycarabus) Morawitz, 1886 appartient au groupe Arcifera mais a également révélé la monophylie des espèces de Carabus cychroides Baudi, 1860, Carabus creutzeri Fabricius, 1801, Carabus depressus Bonelli, 1811, Carabus fabricii Panzer, 1812 et Carabus irregularis Fabricius, 1792. Cependant, l’analyse des réseaux haplotypes (CO1, CO3 et CYTB) a révélé la présence d’introgression entre Carabus fabricii et Carabus irregularis. La datation moléculaire a révélé une origine de l’Oligocène supérieur pour le groupe Arcifera et une origine du Miocène inférieur pour le sous-genre Carabus (Platycarabus), deux périodes fortement marquées par des climats chauds et humides en Europe. |
| Summary | This study focused on the phylogeography of a subgenus of alpine beetles Carabus (Platycarabus) Morawitz, 1886, mainly alpine beetles distributed in Europe, from the Alps to the Carpathians. We sampled 56 specimens, mostly preserved in the Natural History Museum of Geneva collections, which include more broadly subgenera of the Arcifera Imura, 1996 group. The phyloHyRAD bioinformatic pipeline recovered loci at a large evolutionary scale from capturing HyRAD-X (hybridization capture from RAD-derived probes obtained from a reduced eXome template) exomes. This method made it possible to reconstruct the relationships within the Arcifera group and between the species of the subgenus Carabus (Platycarabus). Phylogenetic analyses showed that the four subgenera Carabus (Hygrocarabus) Thomson, 1875, Carabus (Heterocarabus) Morawitz, 1886, Carabus (Chaetocarabus) Thomson, 1875, Carabus (Platycarabus) Morawitz, 1886 belong to the group Arcifera but also revealed the monophyly of the species of Carabus cychroides Baudi, 1860, Carabus creutzeri Fabricius, 1801, Carabus depressus Bonelli, 1811, Carabus fabricii Panzer, 1812 and Carabus irregularis Fabricius, 1792. However, the analysis of haplotype networks (CO1, CO3 and CYTB) revealed the presence of introgression between Carabus fabricii and Carabus irregularis. Molecular dating revealed an origin of the upper Oligocene for the Arcifera group and an origin of the lower Miocene for the subgenus Carabus (Platycarabus), two periods strongly marked by warm and humid climates in Europe. |
| Volée | 2020 |
| Date et heure soutenance | 27-09-2023 |
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| Collation | |
| Remarque | |
| Mot-clés | Alpine orogeny; Beetle evolution; Carabinae; Glaciations; HyRAD-X; Phylogenomics |
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Fiche analytique Mémoire disponible sur demande |
| Dernière mise à jour |
2024-12-16 09:54:42 |